Pablo Walker sj. realizó la enseñanza básica y media en el Colegio San Ignacio El Bosque, Santiago. Estudió dos años de Derecho en la Pontificia Universidad Católica de Chile, antes de -en 1986- ingresar a la Compañía de Jesús. Hace sus estudios de Teología y Filosofía en la PUC y en 1998 obtiene la Licenciatura en Filosofía en el Centre Sevres de París. Fue ordenado sacerdote en septiembre 1998.
Recién ordenado se hizo cargo de la Pastoral Vocacional, acompañando a los jóvenes en discernimiento de su vocación religiosa durante seis años. Luego asumió como rector de la casa de formación para los jesuitas, misión en la que permaneció ocho años. Fue capellán general de las Fundaciones Hogar de Cristo.